基于HMLP参数的二肽logP值支持向量机预测模型

时间:2023-04-26 21:52:27 数理化学论文 我要投稿
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基于HMLP参数的二肽logP值支持向量机预测模型

肽的亲(疏)水性在生物活性肽的合理设计和药物发现中是非常重要的参数.基于表征氨基酸性质的HMLP参数,分别用直接替代法和加和替代法表征肽段的结构信息,采用留一法交叉检验,利用支持向量回归(SVR)构建了36个二肽辛醇-水分配系数(logP)的预测模型(ε=0.001,σ=7.5,C=200和ε=0.001,σ=10,C=200),结果表明加和替代法要好于直接替代法,且其留一法交叉检验的复相关系为0.8768,其预测结果与实验值一致.但二者都说明了logP主要与肽的分子表面积和亲水指标有关,同时说明HMLP参数能够较好地表征氨基酸或肽链的结构信息.

作 者: 印家健 李梦龙 Yin Jiajian Li Menglong   作者单位: 印家健,Yin Jiajian(四川大学化学学院,四川,成都,610064;四川农业大学生命科学与理学院,四川,雅安,625014)

李梦龙,Li Menglong(四川大学化学学院,四川,成都,610064) 

刊 名: 计算机与应用化学  ISTIC PKU 英文刊名: COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY  年,卷(期): 2008 25(3)  分类号: O64 R14  关键词: HMLP参数   肽   logP值   定量结构活性关系   支持向量机  

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