氨基酸广义疏水标度(GH-scale)用于HLA-A*0201限制性CT

氨基酸广义疏水标度(GH-scale)用于HLA-A*0201限制性CTL表位定量预测

将天然氨基酸149个疏水性质经主成分分析得到了一种新氨基酸描述子--氨基酸广义疏水标度(GH-scale).用GH-scale结合遗传偏最小二乘(GPLS)算法对152个HLA-A*0201限制性CTL表位进行定量构效关系(QSAR)研究.所建模型拟合及交叉检验复相关系数分别为R2cum=0.813和Q2=0.725.研究表明,疏水作用在CTL表位与HLA-A*0201结合过程中扮演极其重要角色,而锚定残基是该类作用发生最显著的部位.

作 者： 周鹏 李志良 田菲菲 张梦军   作者单位： 周鹏,李志良(重庆大学化学化工学院,重庆,400044;化学生物传感与计量学国家重点实验室,长沙,410082)

田菲菲(重庆大学化学化工学院,重庆,400044)

张梦军(第三军医大学医学检验系,重庆,400040) 

刊 名： 科学通报  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE SCIENCE BULLETIN  年，卷(期)： 2006 51(11)  分类号： Q5  关键词： 广义疏水标度   HLA-A*0201   CTL表位   定量构效关系   遗传偏最小二乘  

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