miR-15a靶基因的预测及生物信息学分析

miR-15a靶基因的预测及生物信息学分析

目的:对目前研究较为广泛的miR-15a的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,以期为miR-15a靶基因的实验验证提供数据支持,并为深入研究miR-15a的调控机制及生物学功能奠定基础和提供理论指导.方法:选择TargetScan 5.1与PicTar两种计算方法预测miR-15a的靶基因的交集作为分析的基因集合,分别进行GO注释描述、GO富集分析和生物通路富集分析.结果与结论:预测靶基因集合分别富集在转录调控、蛋白质修饰、细胞周期等生物学过程和蛋白激酶活性等分子功能上(P<0.01);经典miR-15a预测靶基因集合显著富集于KEGG通路数据库中的Wnt信号通路、细胞周期和p53信号通路等5个信号转导通路及前列腺癌、慢性髓细胞性白血病、黑素瘤等7个疾病通路中(P<0.05).

作 者： 张菁 邹淑雪 张茂林 关振宏 段铭 ZHANG Jing ZOU Shu-Xue ZHANG Mao-Lin GUAN Zhen-Hong DUAN Ming   作者单位： 张菁,ZHANG Jing(湖南农业大学,动物医学院,湖南,长沙,410128;人兽共患病研究教育部重点实验室,吉林大学,人兽共患病研究所,吉林,长春,130062)

邹淑雪,ZOU Shu-Xue(吉林大学,计算机科学与技术学院,吉林,长春,130012)

张茂林,关振宏,段铭,ZHANG Mao-Lin,GUAN Zhen-Hong,DUAN Ming(人兽共患病研究教育部重点实验室,吉林大学,人兽共患病研究所,吉林,长春,130062) 

刊 名： 生物技术通讯  ISTIC 英文刊名： LETTERS IN BIOTECHNOLOGY  年，卷(期)： 2010 21(2)  分类号： Q811.4  关键词： miRNA   靶基因   生物信息学  

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